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今作にてメガシンカはポケモンの生体エネルギーと人間の生体エネルギーを、それぞれが持つメガストーンとキーストーンを触媒に、それぞれが念ずる心で混ぜ合わせ、膨大なエネルギーによって生じる特殊な進化であることが分かった。
また、初代から存在するアイテムあなぬけのひもの原理はその膨大なエネルギーを用いたものであることが分かった。どうやら、あなぬけのひもはそのメガストーンとキーストーンの素材を編み合わせて一本の紐にしたもので、人間とポケモンで紐を持ち、「洞窟から出たい」と'念ずる'ことでワープすることができるようだ。つまり、ポケモンがいないとあなぬけのひもは使えないことになる。
ワープパネルの存在を考えるとポケモンをボールに入れて身につけた状態でもワープが可能と言えるかもしれない、メガシンカのような形態そのものを変えるほどの膨大なエネルギーは一人のワープには必要ないのだろう。
注目すべき点は、これはメガシンカの存在しない世界であっても（原理は分からなくても）この技術が実用化されていることだ、つまり現象が確認されていることで、単にきっかけの有無の問題だったのだろう、隕石が落ちなかった世界でも人工メガストーンを作り出しメガシンカができる可能性があるということになる。
ポケモンの持つ生体エネルギーは通常、ポケモンの体内で「ワザ」に変換されて、さまざまなワザとして使うことができる。このエネルギーの変換力をワザのＰＰ（パワーポイント）と呼ぶ。ほぼすべての最終進化ポケモンが覚えられる破壊光線や目覚めるパワーは、この生体エネルギーそのものをぶつけるワザなので、誰でも使えるのだろう。
だがワザではなく、人間の手で生体エネルギーを抽出して、人間が扱えるようにしたものを「ムゲンダイエナジー」と言う、つまりポケモンの体内にある場合はムゲンダイエナジーと呼ばないようだ。
3000年前はポケモンを殺さなければムゲンダイエナジーを抽出できなかったようだが、現在においてそのような抽出方法をとっては倫理的に大問題であろう、実用化できたということはポケモンに危害を加えずに搾取する方法があると思われる。ただし、狭い場所にたくさんのポケモン達を閉じ込めて、生かせながら生体エネルギーを搾取し続けるという。現実の畜産業の実態に近い、子供に見せられない光景はあると推測される。
トクサネのロケット燃料もこのムゲンダイエナジーを用いているようだ、宇宙まで重いものを飛ばす、軽くて燃費の良いエネルギー源は滅多にないため、メガシンカが無い世界のトクサネでもあなぬけのひものように、このムゲンダイエナジーを用いてロケットを打ち上げていると推測される。
このムゲンダイエナジーは軍事転用できそうな気もするが、あの世界においてはカイリューに破壊光線を撃たせたほうが早いため、進んでこの技術を兵器に流用しているとは思えない。だが研究してみる価値はあると見られる。
メガシンカには人間の生体エネルギーも使われる、そのためメガシンカするたびにトレーナーがやせ細ることを心配する声もあるが、あの世界の人間達はポケモンに種を滅ぼされない程度のパワーや回復力があるため問題は無い、皆もあの世界の人々の「人間じゃねぇ」能力の数々はご存知だろう。それにメガシンカの時に使われる人間の生体エネルギーは微々たるものと思われるため、心配することは無い。
最後に必要とされるものは、それぞれが念ずる心、つまり２つの絆がトリガーとなってメガシンカが引き起こされる。これは絆パワーと呼ばれるＯパワーとの関係性が気になるが、不明である。ただ、人から人へ伝承されて受け継がれてレベルが上がっていくＯパワーはメガシンカと根本が同じであっても、ぜんぜん別の方向に進化していった絆パワーだと見られる。
絆の力でメガシンカすると言っても、絆の力は二つの生体エネルギーを引き合わせてトリガーを引くだけのようだ、だがあのレックウザも人間の生体エネルギーとのリンクが無ければメガシンカできないことから、絆の力は必要不可欠のようだ。
なぜメガシンカが長い間限られた継承者しか許されない行為だったかなど、まだ謎はたくさんあるが、科学的考察はここで終了する。