モンスターボールがポケモンを小さく収納する仕組みについての考察は昔からなされていて、私が知っている限りでは次の4つの仮説がある。
・全てのポケモンには小さい球の中に体を縮めて収納する能力を持つ
(主に小説版からの設定、ボール自体には何の力は無く、ポケモンの力によるものとするため、専用のボールに限らず密閉できる箱ならばなんでも入れられる。ボール内のポケモンが外から見えるポケスペはこれに近い)
・ポケモンを電子データ化して収納する
(パソコンで転送できることに注目した仮説、メタ的にゲームのデータと見なせることから採用する人が多いが、それではポケモンじゃなくてデジモンっぽいので私的にはあまり好きじゃない)
・ポケモンの持つ技に近いがポケモンの力ではない、不思議な力でポケモンを中に収納する
(収納できる原理はボールの力によるもので、科学的でなく魔法的な何かとする説。アニメのボールから出る謎の赤い光をイメージすることが多い)
・ボールの中に四次元空間が存在しその中にポケモンを収納する。
(あの世界では四次元空間の存在がいろいろな場所で確認され、わりとポピュラーな概念と思われるため、ボールもこれを利用しているという説、私はこれだと推している)
大きな体を小さなボールにしまう収納能力が、ポケモンにあるかボールにあるかの2種類で大きく分けられる。金銀から登場したぼんぐりという特別なきのみはもちろんですが、
特にアイテムボール(フィールド上にあるアイテムアイコンと思いきや、本当にボール型の何かが落ちているようだ)という存在から、ポケモン以外の物品もボールの中に小さく収納できると見られるため、ボール派の仮説が多い印象。
世界観の主軸となる謎のため、「永遠の謎のままが良い」と考えることが多く、無理に考察することは少ないが、自分の中でどういう仕組みと捉えているか考えてみるといいと思う。